Por uma recomendação de Brentano, em 1886, Husserl procurou Carl Stumpf, o estudante mais velho de Brentano, de quem se tornaria amigo intimo e que era professor de filosofia e psicologia na universidade de Halle, onde Husserl se tornou professor conferencista em 1887. O tema da sua tese de habilitação foi Über den Begriff der Zahl: Psychologische Analysen ("Sobre o conceito de número: análise psicológica"), onde mostra sua transição da pesquisa matemática para uma reflexão sobre as bases psicológicas dos conceitos básicos da matemática. A tese foi uma versão desenvolvida depois no seu Philosophie der Arithmetik: Psychologische und logische Untersuchungen, cujo primeiro volume apareceu em 1891.
Lecionou em Hale, de 1887 a 1901 e o título de sua conferência inaugural foi Über die Ziele und Aufgaben der Metaphysik ("Sobre os objetivos e problemas da metafísica"). O objeto tradicional da metafísica é o estudo do Ser. O texto se perdeu, mas é provável que nele Husserl já apresentasse seu método de análise da consciência como o caminho para uma nova e universal filosofia e uma nova metafísica. Husserl achava que a base filosófica para a lógica e a matemática precisava começar com uma analise da experiência que está antes de todo pensamento formal.
Husserl achava que a base filosófica para a lógica e a matemática precisava começar com uma analise da experiência que está antes de todo pensamento formal. Com isso fez estudo dos empiristas ingleses coom John Locke, George Berkeley, David Hume, e John Stuart Mill, e familiarizou-se com a terminologia da lógica e semântica derivada daquela tradição, principalmente a lógica de Mill. Essa junção de suas idéias com o pensamento empirista o levou às concepções apresentadas em sua famosa obra Logische Untersuchungen (1900-01; "Investigações lógicas"), onde apresentou pela primeira vez o método de análise que chamou "fenomenologico". Depois a publicação de "Investigações Lógicas," Husserl foi convidado a lecionar na universidade de Göttingen, onde permaneceu de 1901 a 1916.
Uma curiosidade: Husserl anotava todos os seus pensamentos. Durante sua vida produziu mais de 40.000 páginas estenografadas no método Gabelberger. Nos seus anos em Göttingen, Husserl rascunhou as linhas gerais da fenomenologia como uma ciência filosófica universal. Seu princípio metodológico fundamental era o que chamou "redução fenomenológica". Preocupava-se com a experiência básica da consciência, não interpretada, e a questão do que é a essência das coisas, a "reducão eidética".
Fez palestras na Universidade de Londres (1922), na universidade de Amsterdã e, mais tarde, em 1930, na Sorbone. Deixou de aceitar um convite da prestigiosa universidade de Berlim a fim de poder dedicar todas as suas energias à Fenomenologia. Estas palestras foram aproveitadas em uma nova apresentação da Fenomenologia, que então apareceu com tradução francesa sob o título Méditations cartésiennes (1931).
Quando se aposentou em 1928, Martin Heidegger, que tornou-se um expoente do existencialismo e um dos mais importantes filósofos alemães, foi seu sucessor. Husserl o havia considerado seu herdeiro legítimo. Somente mais tarde viu que a principal obra de Heidegger, Sein und Zeit ("O ser e o tempo"), de 1927, havia dado à Fenomenologia uma reviravolta que a levaria para um caminho totalmente diferente. Seu desapontamento fez que seu relacionamento com Heidegger esfriasse depois de 1930.
Com a chegada ao poder de Adolf Hitler em 1933 ele foi excluído da universidade. Mesmo assim recebia a visita de filósofos e intelectuais estrangeiros. Condenado ao silêncio na Alemanha, ele recebeu, na primavera de 1935, um convite para falar para a Sociedade Cultural em Viena, onde discursou por duas horas e meia sobre "A filosofia na crise da humanidade européia ", palestra que repetiu dois depois. Desta conferência e de outras que fez em Praga surgiu seu último trabalho "A crise da ciência européia e a fenomenologia transcendental: uma abordagem da filosofia fenomenológica", de 1936, da qual somente a primeira parte veio a público em um periódico para emigrantes.
Enfermo a partir de 1937, disse desejava morrer de modo digno de um filósofo: "Eu vivi como um filósofo e eu quero morrer como um filósofo". Por não ser comprometido com nenhum credo em particular, ele respeitava toda crença religiosa autêntica. Ele morreu em abril de 1938 e suas cinzas foram enterradas no cemitério em Günterstal, perto de Freiburg.
"Há quem defenda os seus erros como se estivesse a defender uma herança."
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